藉由PCR法在迷你卫星(mini-satellite，亦即VNTR)及微小卫星(rnicro-satellite，亦即STR)DNA区域反应分析这些是依PCR反应所扩增的基因位来决定，而对上海亲子鉴定偶基因的检测法也要能够明确用来作鉴定。迷你卫星DNA重复的单位本身约有十至数十个碱基，总长如果太长并不适于PCR反应。因此，只有总长较短的基因位才适于作PCR反应。一般而言上海亲子鉴定迷你卫星DNA虽然对偶基因有很高的特异性，但是因为总长度稍长而有使PCR反应效率降低的危险。另一方面上海亲子鉴定微小卫星DNA重复单位为数个碱基，全长较短适于PCR反应。唯一般微小卫星DNA的对偶基因数目不多，所以为了提高鉴别能力，组合使用数个基因位是有必要的。虽然可以用组合阶梯标志(size-marker)来确定对偶基因被扩增的DNA片断全长，但是如能用’U'y夕歹夕-marker，则能更正确地确定长度。虽然有时可以看到不规则的对偶基因与了U、y夕'7纩-marker不=致的情形，但是希望使用不规则对偶基因出现频率较低的基因位。再者，出现不规则对偶基因时进行全面性的检索，一般是不可避免的，其表示之方法有明示的必要。